Fill d'una família benestant, abans d'iniciar la carrera d'arquitectura estudià pintura amb el pintor Simó Gòmez i a l'Escola de la Llotja de Barcelona, activitat de la qual no es conserva cap obra. Posteriorment obtingué el títol d'arquitecte a l'Escola d'Arquitectura de Barcelona, professió per la qual se'l coneix.
Després d'uns inicis caracteritzats per l'eclecticisme, la seva obra d'estil modernista es dóna en el període de 1900 al 1910. Posteriorment conreà un estil més clàssic.
Les seves primeres intervencions com a arquitecte van ser com a ajudant del també arquitecte F. Villar i Carmona amb obres de tipus religiós: la reforma de la capella de Sant Josep de la basílica de Montserrat i els treballs de l'altar de l'església de Monistrol, avui desaparegut. Al llarg de la seva carrera va projectar molts edificis religiosos, gran part de manera altruista, col·laborant amb Dorotea de Chopitea, dels quals destaca el temple del Sagrat Cor de Jesús (1902; carretera de Vallvidrera al Tibidabo, 111-117), que va acabar el seu fill, també arquitecte, Josep Maria Sagnier Vidal.
El seus clients principals, però, van ser membres de la burgesia, per a qui va construir molts habitatges, sobretot a l'Eixample de Barcelona, com ara la casa per a Enric Victorià de la Riva (1897; Ali Bei, 1), adaptant les novetats del Modernisme als nous edificis, com, per exemple, les escales comunicades als patis centrals.
Col·laborà amb l'arquitecte J. Domènech i Estapà al Palau de Justícia de Barcelona (1887-1908; passeig de Lluís Companys, 14) i amb l'enginyer Pere Garcia i Fària a la Duana Nova (1896-1902; passeig de Josep Carner, 27-29). Així mateix, trobem obres seves a Ciutat Vella de Barcelona, com la Casa Dr. Genové (1911; Rambla, 77).
En la darrera etapa de la seva trajectòria va ser l'arquitecte de la Diòcesi de Barcelona, càrrec que li permeté obtenir el títol pontifici de marquès de Sagnier, i posteriorment l'any 1928 formà part de la família de Sa Santedat amb el càrrec de "cambrer secret de capa i espasa".
Va ser membre de la Reial Acadèmia de Belles Arts de Sant Jordi i va ser l'únic arquitecte que va guanyar tres vegades el premi anual que lliurava l'Ajuntament de Barcelona al millor edifici. Així mateix, ocasionalment es dedicà a la política i va ser diputat provincial.
La seva obra s'estén a Cuba, Mèxic i Austràlia.